jati 发表于 2008-7-29 17:20:58

一个Step By Step教程:使用Mimics导入图像裸数据

各位医生搞研究的时候,往往找不到数据来源。国外的很多实验室和组织的网站提供了一些图像。然而,大多数是裸数据的文件。我在前一个帖子中提到Mimics能处理裸数据图像,但是还不太具体。下面我StepByStep地介绍一下怎么导入裸数据。跟我做就可以了~

   1.首先到www.volvis.org网站,然后点击Download New Dataset。进入我们需要的下载页面。

   2.我们以第四行的腹部扫描图像为例,点击左边图片进行下载,同时给出的留意5条重要信息。参见图1。针对这幅图像,5条重要信息(参考我上一个帖子"Mimics到底支持怎样的图像格式")为:
         1)每张图像的大小:512x512
         2)一共有多少张图像:174层
         3)在每一层中,像素的间距是多大:0.8398x0.8398(水平间距和垂直间距一般相等)
         4)层和层之间的距离有多大?3.2
         5)每个像素的数据有多大?16Bit,也就是两字节,数据类型为short
      我们知悉了上述信息,并且有了图像文件,就可以开始导入图像裸数据了。

   3.将下载来的压缩包stent16.raw.zip解压,得到一个单文件stent16.raw。在其属性中可以看到其大小是91,226,112字节。如图2所示。

   4.打开Mimics,在File菜单下选择Import Images,选择刚才的stent16.raw文件,并注意点选导入对话框下方的Manual Import选项,进入手工转换图像对话框。

   5.将第2步中记录的5个信息,输入到这个对话框的对应位置,如图3所示。下面详细解释每个改动的部分:
         File Structure中:
             a) File Header Size是指图像文件头部的大小。由于裸数据文件只包含像素,没有头部信息,所以这里写0 bytes即可。
             b) Number of Images per File是指一共有多少张图像,从第2步中的2)知道,174层当然是174张图像喽。
         Exam Information中
             c) Slices,因为是横断面成像,所以选择默认的Axial就行。
         Image Information中
             d) Size:是图像的大小,由第2步中的1)可知道,都写512。
             e) Slice Distance:是层间距,由第2步中的4),是3.2
             f) Pixel Size:像素的大小,和第2步中的3)所说的像素间距是一个概念,而且水平间距和垂直间距一般相等,所以这里写0.8395。
         Pixel Properties中
             g) Type: 由于是16位图像,所以选择Signed short或者Unsigned short

   6.选好之后点击对话框右边的Show Preview按钮就可以预览了。如果预览效果并不是预期效果,那么刚才的参数有错误,需要调整再预览。如果可以接受,点击OK,回到导入向导,并点击Convert,然后再指定方向后,就可以导入图像到Mimics中了。

   导入以后就可以对图像进行处理了,具体的处理方法已经超出本帖的内容。www.volvis.org网站提供了很多数据集,既有人体CT也有工业CT,欢迎大家补充更多的网站,方便大家的科研工作。

jati 发表于 2008-7-29 17:22:02

还可以看出一点,在这个图像文件中,每个像素16bit,即2字节(byte),注意到
512x512x174x2=91226112字节
也就是说,裸数据的图像文件存储的全部都是像素数据。因此文件大小是可以算出来的。这一点非常有用。比如,我们不知道整个序列有多少层的话,可以通过文件总大小计算出有多少层。

zqgfor 发表于 2008-7-30 01:06:15

:D 楼主辛苦了。。

matlaser 发表于 2009-11-29 09:39:47

谢谢楼主的好贴

ronaldz 发表于 2009-12-5 22:28:00

不好用啊,提示有错误

monkeyshine 发表于 2009-12-8 11:22:40

谢谢LZ,好人那

monkeyshine0211 发表于 2010-7-9 16:21:31

真是好人啊,这么好的贴怎么可以沉下去!!

me1985me 发表于 2010-7-14 15:17:36

很有用,可是就没人知道哪儿能下到现成的CT图像吗

assosiate 发表于 2010-8-12 10:28:48

:)很有用
:victory:

horrymix 发表于 2010-8-15 19:44:41

谢谢,今天终于弄懂了!

lovefunny1986 发表于 2010-8-15 20:25:27

楼主,感谢你的帖子,对我的帮助非常大!
但是,在你的文中有一点矛盾,文中提到输入的层厚应该是3.2mm,在图片示例中却是1.0mm,用1.0mm输入后得到的图像脊柱是压缩的,应该还是3.2mm吧?

liuweifreeman 发表于 2010-10-25 01:42:42

感谢楼主,刚起步,慢慢学习中

liuweifreeman 发表于 2010-10-25 01:57:55

感谢楼主,刚起步,慢慢学习中

wuchangfu360 发表于 2010-10-25 14:51:18

不错 ,谢谢lz指点

wangry880112 发表于 2010-11-4 10:16:59

谢谢楼主!!!!!

jiafei0009 发表于 2011-9-7 15:01:54

感谢楼主

zhangda012 发表于 2011-10-13 22:23:21

好详细啊,不错

wwwqingzheng 发表于 2011-10-27 12:25:08

真是好人啊,这么好的贴怎么可以沉下去!!

jiejiedong 发表于 2013-5-8 17:08:07

是跟你的一样,刚装上这个软件,准备用它干点不是医学的东西,还不会用,但是感觉挺神奇的,但是感觉图片不是那么的清晰么

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