一个Step By Step教程:使用Mimics导入图像裸数据
各位医生搞研究的时候,往往找不到数据来源。国外的很多实验室和组织的网站提供了一些图像。然而,大多数是裸数据的文件。我在前一个帖子中提到Mimics能处理裸数据图像,但是还不太具体。下面我StepByStep地介绍一下怎么导入裸数据。跟我做就可以了~1.首先到www.volvis.org网站,然后点击Download New Dataset。进入我们需要的下载页面。
2.我们以第四行的腹部扫描图像为例,点击左边图片进行下载,同时给出的留意5条重要信息。参见图1。针对这幅图像,5条重要信息(参考我上一个帖子"Mimics到底支持怎样的图像格式")为:
1)每张图像的大小:512x512
2)一共有多少张图像:174层
3)在每一层中,像素的间距是多大:0.8398x0.8398(水平间距和垂直间距一般相等)
4)层和层之间的距离有多大?3.2
5)每个像素的数据有多大?16Bit,也就是两字节,数据类型为short
我们知悉了上述信息,并且有了图像文件,就可以开始导入图像裸数据了。
3.将下载来的压缩包stent16.raw.zip解压,得到一个单文件stent16.raw。在其属性中可以看到其大小是91,226,112字节。如图2所示。
4.打开Mimics,在File菜单下选择Import Images,选择刚才的stent16.raw文件,并注意点选导入对话框下方的Manual Import选项,进入手工转换图像对话框。
5.将第2步中记录的5个信息,输入到这个对话框的对应位置,如图3所示。下面详细解释每个改动的部分:
File Structure中:
a) File Header Size是指图像文件头部的大小。由于裸数据文件只包含像素,没有头部信息,所以这里写0 bytes即可。
b) Number of Images per File是指一共有多少张图像,从第2步中的2)知道,174层当然是174张图像喽。
Exam Information中
c) Slices,因为是横断面成像,所以选择默认的Axial就行。
Image Information中
d) Size:是图像的大小,由第2步中的1)可知道,都写512。
e) Slice Distance:是层间距,由第2步中的4),是3.2
f) Pixel Size:像素的大小,和第2步中的3)所说的像素间距是一个概念,而且水平间距和垂直间距一般相等,所以这里写0.8395。
Pixel Properties中
g) Type: 由于是16位图像,所以选择Signed short或者Unsigned short
6.选好之后点击对话框右边的Show Preview按钮就可以预览了。如果预览效果并不是预期效果,那么刚才的参数有错误,需要调整再预览。如果可以接受,点击OK,回到导入向导,并点击Convert,然后再指定方向后,就可以导入图像到Mimics中了。
导入以后就可以对图像进行处理了,具体的处理方法已经超出本帖的内容。www.volvis.org网站提供了很多数据集,既有人体CT也有工业CT,欢迎大家补充更多的网站,方便大家的科研工作。 还可以看出一点,在这个图像文件中,每个像素16bit,即2字节(byte),注意到
512x512x174x2=91226112字节
也就是说,裸数据的图像文件存储的全部都是像素数据。因此文件大小是可以算出来的。这一点非常有用。比如,我们不知道整个序列有多少层的话,可以通过文件总大小计算出有多少层。 :D 楼主辛苦了。。 谢谢楼主的好贴 不好用啊,提示有错误 谢谢LZ,好人那 真是好人啊,这么好的贴怎么可以沉下去!! 很有用,可是就没人知道哪儿能下到现成的CT图像吗 :)很有用
:victory: 谢谢,今天终于弄懂了! 楼主,感谢你的帖子,对我的帮助非常大!
但是,在你的文中有一点矛盾,文中提到输入的层厚应该是3.2mm,在图片示例中却是1.0mm,用1.0mm输入后得到的图像脊柱是压缩的,应该还是3.2mm吧? 感谢楼主,刚起步,慢慢学习中 感谢楼主,刚起步,慢慢学习中 不错 ,谢谢lz指点 谢谢楼主!!!!! 感谢楼主
好详细啊,不错 真是好人啊,这么好的贴怎么可以沉下去!! 是跟你的一样,刚装上这个软件,准备用它干点不是医学的东西,还不会用,但是感觉挺神奇的,但是感觉图片不是那么的清晰么
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