开源软件

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这是我搜寻的几个开源软件，和大家分享一下，大家有什么好的软件可以一同分享！
一、 GROMACS
GROMACS是一款开放源码的分子动力学模拟程序，其field files支持amber格式，
大家都知道现在MD程序中用到的top,parm文件基本上都产自charmm和amber程序。
說支持但用起来需要手工修改，不能用源文件，比较麻烦。如果你用过GROMACS，
那么印象最深的应该是他满屏幕的显示，还有繁琐的工序pdb2gmx-->editconf-->
genbox--->genion--->mdrun每跑一个样本下来，相当于编了几十行的程序。还
有一点就是如果你的体系中有盐离子浓度规定的话，在genion这一步你需要修改.top
文件，我的天，真的很麻烦。不过幸好我最后把perl研究了一下，写了个脚本，让这
一切统统一步搞定。所需要做得就是在运行脚本前设置好相应的参数，比如离子浓度。
当然这个软件最大的特点就是有强大的fans社群，你有问题基本上都能从哪儿找到答案！
从源码编译gromacs也比较简单，gromacs驱动QM接口模块可以支持与mopac7,gamess-uk,
gaussian的QM/MM计算。
更多详情请参看：http://www.gromacs.org/

二、SCILAB 是由法国国家信息、自动化研究院(INRIA)的科学家们开发的“开放源码”软件。SCILAB 一词来源于英文“Scientific Laboratory"（科学实验室）词头的合并。与MATLAB 类似，SCILAB也是一种科学工程计算软件，其数据类型丰富，可以很方便地实现各种矩阵运算与图形显示，能应用于科学计算、数学建模、信号处理、决策优化、线性/非线性控制等各个方面。它还提供可以满足不同工程与科学需要的工具箱，例如SCICOS，信号处理工具箱，图与网络工具箱等。可以说，就基本的功能如科学计算、矩阵处理及图形显示而言，MATLAB 能完成的工作SCILAB都可以实现。

三、CAELinux是一款致力于计算机辅助分析应用的linux操作系统平台，该平台基于PCLinuxOS操作系统，集成了一系列工程计算方面的开源软件，用于进行计算机辅助建模、分析模拟、设计和后处理。
CAELinux的开发起初主要基于开源CAE软件Salomé和Code_Aster。为了满足更广阔用户爱好者的需求，采用PCLinuxOS操作系统将已有的开源CAD/CAE/CFD软件移植到新平台下形成具有规模的开源应用平台。
CAELinux平台下大部分软件都是基于GPL或LGPL发布的，为广大CAE/CFD爱好者提供了广阔的应用空间。

四、sage是一款由华盛顿大学开发的类似于matlab/mathematica,并且整合了很多已有的开源软件包的开源数学软件。目前只有 Linux 和 MacOS 版，这种软件似乎都是这样，Windows下可通过 vmware player 运行，不过你也可以直接在线使用。
sage的功能是很强大的，介绍中有这么一句：“这款开源软件的支持者称Sage能够完成任何事情，从12维物体到计算全球变暖效应数学模型中的降雨量。”
采用浏览器作为GUI界面，融入了云计算的思想，可以在线使用（http://www.sagenb.org）推荐大家去体验，你再不需要为了完成一次作业而安装几G大小的matlab。
采用java处理图形，利用java的已有优势，让跨平台和瘦客户端的使用都不成问题。
对python的完美支持，已写好的python程序无需修改，就可以直接在其上与其他程序一起运行。

五、ABINIT软件包
官方主页:
http://www.abinit.org/
包括主程序及应用程序MERGE、IFC和CUT3D。主程序是用来驱动不同密度泛函的基础计算的。下面我们将区分ABINIT在基态计算、结构相关计算（最优化和分子动力学）和反映函数计算方面的特色功能。对大部分功能，给出了许多出版物作参考，包括粗略的描述。然而，有两种情况：自旋轨道影响的处理和绝热联结波动耗散理论（adiabatic-connection fluctuation dissipation theorem, ACFDT），ABINIT时用艺术态来处理的（原文为state-of-the-art，达到最新技术发展水平的），同时给出大量的解释（下面我会有解释）。而应用程序MERGE、IFC和CUT3D将在一个单独的部分描述。
ABINIT适于固体物理，材料科学，化学和材料工程的研究，包括固体，分子，材料的表面，以及界面，如导体、半导体、绝缘体和金属。

六、Atomistix ToolKit (ATK)是一个能模拟纳米结构体系和纳米器件的电学性质和量子输运性质的第一性原理电子结构计算程序。对于所模拟的纳米器件的电极，它可以是纳米管或金属。对于所模拟的纳米结构体系，它可以是两种不同材料形成的界面区，或界于两个金属表面之间的分子。

七、Virtual NanoLab (VNL)是Atomistix ToolKit (ATK)对应的图形界面软件，它具有友好的图形界面操作环境，以轻松进行纳米器件在原子尺度模拟的建模、计算和数据分析等可视化操作。其中VNL的计算引擎是内嵌的ATK。VNL中的操作流程与真实实验中的情况类似，它为用户提供了多种工具并通过原子尺度模拟来轻松建立“虚拟的实验平台”：构造纳米器件的原子几何结构、模拟器件的电子结构和电学性质。原子操作模块(Atomic Manipulator)、纳米结构透视模块(Nanoscope)、晶体构造模块(Crystal Grower)、纳米管构造模块(Nanotube Grower)和能谱计算模块(Energy Spectrometer)、晶体构造模块(Crystal Grower)替换为晶体结构库模块(Crystal Cupboard)